Les mutations sont normales
L’émergence de nouvelles variantes virales n’a rien d’inhabituel : les virus – y compris l’agent pathogène Sars-CoV-2 – modifient de manière répétée et aléatoire leur matériel génétique au cours de la réplication. La plupart de ces mutations n’ont aucun sens. Certains, cependant, sont avantageux pour le virus et s’installent.
De cette manière, les virus sont capables de s’adapter rapidement à l’environnement et à leur hôte. Cela fait partie de leur stratégie évolutive.
L’OMS classe les nouvelles variantes selon les catégories suivantes :
- Variantes sous surveillance (VBM) – Variantes présentant des modifications génétiques qui pourraient entraîner un risque plus élevé, mais dont les effets sont encore incertains.
- Variante d'intérêt (VOI) : variantes présentant des caractéristiques génétiques prédictives d'une transmissibilité plus élevée, contournant l'immunité ou les tests de diagnostic, ou une maladie plus grave par rapport aux formes précédentes.
- Variante à haute conséquence (VOHC) – Variante à haute conséquence : Variante contre laquelle les vaccins actuels n’offrent aucune protection. À ce jour, il n’y a eu aucune variante du SRAS-CoV-2 dans cette catégorie.
Les variantes du virus sont regroupées en clades ou lignées – les chercheurs enregistrent et documentent ainsi systématiquement « l’arbre généalogique du coronavirus ». Chaque variante est caractérisée en fonction de ses propriétés héréditaires et se voit attribuer une combinaison lettre-chiffre. Toutefois, cette désignation n’indique pas si une souche particulière du virus est plus dangereuse qu’une autre.
Comment le coronavirus évolue-t-il ?
Il existe deux manières pour le coronavirus d’évoluer « avec succès » : il évolue de telle manière qu’il peut mieux pénétrer dans la cellule humaine, devenant ainsi plus contagieux, ou il tente « d’échapper » à notre système immunitaire en s’adaptant :
Mutation d’évasion : Il s’agit de changements qui permettent au coronavirus de « s’échapper » du système immunitaire. Le virus change alors de forme externe de telle sorte que les anticorps (déjà formés) d’une première infection ou d’une vaccination sont désormais moins capables de le « reconnaître » et de le neutraliser. Ceci est également appelé « mutations d’évasion » ou « évasion immunitaire ». Les deuxièmes infections pourraient ainsi devenir plus probables.
Comment se développent les variantes du virus ?
Plus la pandémie dure longtemps, plus il y a d’infections, plus il y a de variations et de mutations du coronavirus.
La pandémie de Corona dure depuis maintenant deux bonnes années : au 05 janvier 2022, le Johns Hopkins Coronavirus Resource Center (CRC) signale désormais environ 296 millions de cas d'infection dans le monde.
Une opportunité suffisante pour que le coronavirus accumule de multiples changements (variations) dans le matériel génétique.
Ce nombre énorme de cas – et les changements génétiques qui l’accompagnent dans le Sars-CoV-2 – se reflètent dans la propagation désormais étendue d’un grand nombre de nouvelles variantes virales :
Delta : la lignée B.1.617.2
La variante delta (B.1.617.2) du Sars-CoV-2 s’est également propagée rapidement en Allemagne ces derniers mois (automne 2021). Il a été découvert pour la première fois en Inde et est divisé en trois sous-variantes combinant plusieurs changements caractéristiques.
D’une part, il s’agit de modifications de la protéine Spike, considérée comme la « clé » de la cellule humaine. D’un autre côté, B.1.617 présente également des changements qui sont considérés comme une (possible) mutation d’échappement.
Plus précisément, B.1.617 combine, entre autres, les mutations pertinentes suivantes :
Mutation D614G : Elle peut rendre le coronavirus plus contagieux. La modélisation initiale suggère que cela rend le B.1.617 au moins aussi facilement transmissible que la variante alpha hautement contagieuse (B.1.1.7).
Mutation P681R : Également associée par les chercheurs à une virulence éventuellement accrue.
Mutation E484K : A également été trouvée dans la variante bêta (B.1.351) et la variante gamma (P.1). On soupçonne qu’il rend le virus moins sensible aux anticorps neutralisants déjà formés.
Mutation L452R : Elle est également discutée comme une possible mutation d’évasion. Les souches de coronavirus portant la mutation L452R se sont révélées partiellement résistantes à certains anticorps lors d’expériences en laboratoire.
La variante delta, jusqu’à présent prédominante en Europe, semble également être progressivement supplantée par la variante omicron, très contagieuse.
Omikron : la lignée B.1.1.529
La variante Omikron est la mutation la plus récente du coronavirus, découverte pour la première fois au Botswana en novembre 2021. Elle est désormais officiellement classée comme nouvelle variante préoccupante par l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
Eris : La lignée EG.5
La variante EG.5 du coronavirus est issue de la lignée Omikron. Il a été détecté pour la première fois en février 2023. Depuis lors, il s’est répandu dans divers pays du monde et domine la scène des infections dans de nombreux endroits. On l'appelle également Eris, du nom de la déesse grecque de la discorde et des conflits.
EG.5 descend des variantes omicrons XBB.1.9.2. et XBB.1.5, mais présente également une nouvelle mutation dans la protéine de pointe (F456L). La sous-lignée EG.5.1 porte également une autre mutation Q52H.
L’EG.5 est-il plus dangereux que les variantes précédentes ?
Avec l’émergence de l’EG.5, le nombre de cas d’infection corona augmente à nouveau, et avec lui les hospitalisations. Jusqu'à présent, aucun changement dans la gravité de la maladie n'a été signalé, selon l'OMS. L’OMS a donc classé EG.5 comme variante d’intérêt (VOI), mais pas comme variante préoccupante (VOC).
Les vaccins de rappel correspondants pour l’automne ne ciblent pas précisément EG.5, mais une lignée virale étroitement apparentée (XBB.1.5). Les premières études cliniques indiquent que la vaccination de rappel est également efficace contre EG.5.
Pirola : La lignée BA.2.86
La variante du virus BA.2.86 est également un dérivé de l'omicron. Il diffère de son prédécesseur putatif, la variante BA.2, par 34 nouvelles mutations dans la protéine de pointe, ce qui le rend tout aussi divergent des formes antérieures qu’Omicron l’était le plus récemment.
Dans quelle mesure BA.2.86 est-il courant ?
Jusqu’à présent, la variante n’a été trouvée que chez quelques personnes. Cependant, peu de tests sont désormais effectués dans l’ensemble. En particulier, les tests élaborés permettant de déterminer la variante virale particulière sont rares. Le fait que les cas connus proviennent de trois continents (Amérique du Nord, Asie et Europe) et ne soient pas directement liés suggère que Pirola s'est déjà propagé inaperçu.
Le BA.2.86 est-il plus dangereux que les variantes précédentes ?
Les vaccins adaptés sont-ils efficaces contre BA.2.86 ?
Les vaccins disponibles à partir de septembre sont optimisés pour la variante XBB.1.5. Sa protéine de pointe diffère de celle du Pirola en 36 sections. La protection contre l’infection risque donc d’être réduite. Cependant, les experts estiment que la protection contre les évolutions sévères demeure.
Autres variantes virales connues
D’autres variantes du virus Sars-CoV-2 se sont également développées, qui diffèrent du type sauvage – mais les experts ne les classent pas actuellement comme COV. Ces souches virales sont appelées « variantes d’intérêt » (VOI).
On ne sait pas encore clairement quel impact ces VOI émergents pourraient avoir sur la pandémie. S’ils s’affirment et s’imposent contre les souches virales déjà en circulation, ils pourraient également être améliorés en COV correspondants.
Des variantes particulièrement intéressantes
- BA.4 : sous-type Omicron, découvert pour la première fois en Afrique du Sud.
- BA.5 : sous-type Omicron, découvert pour la première fois en Afrique du Sud.
Variantes sous surveillance
Les « variantes sous surveillance » (VUM) font l’objet d’une attention accrue – mais il manque encore des données fiables et systématiques à leur sujet. Dans la plupart des cas, seules les preuves de leur simple existence sont disponibles. Ils comprennent des variantes apparaissant sporadiquement ainsi que des descendants « modifiés » de mutations déjà connues.
Selon l'ECDC, ces rares VUM comprennent actuellement :
- XD – variante détectée pour la première fois en France.
- BA.3 – sous-type de la variante Omikron, détecté pour la première fois en Afrique du Sud.
- BA.2 + L245X – sous-type de la variante omicron d'origine inconnue.
Variantes de virus déclassées
La compréhension et l’évaluation scientifiques des variantes virales répandues dans les différentes phases de la pandémie évoluent de manière aussi dynamique que les événements d’infection dans la pandémie actuelle de Corona.
Alpha : la lignée B.1.1.7
La variante Alpha (B.1.1.7) du coronavirus circule à peine en Europe, selon les responsables. Alpha a été détecté pour la première fois au Royaume-Uni et, à partir du sud-est de l’Angleterre, s’est répandu de plus en plus sur le continent européen depuis l’automne 2020.
La lignée B 1.1.7 présentait un nombre étonnamment élevé d’altérations génétiques, avec 17 mutations. Plusieurs de ces mutations ont affecté la protéine Spike, notamment la mutation N501Y.
On pense que le B.1.1.7 était environ 35 % plus contagieux que le Sars-CoV-2 de type sauvage, et le taux de mortalité observé par infection (sans vaccination préalable) a également augmenté. Cependant, les vaccins disponibles conféraient une protection robuste.
Alpha est en forte baisse en accord avec les agences officielles (ECDC, CDC ainsi que l'OMS).
Bêta : la lignée B.1.351
Le mutant s’est très probablement développé à la suite d’une forte infestation de la population sud-africaine par le virus. L’Afrique du Sud a déjà enregistré des épidémies de coronavirus à grande échelle au cours des mois d’été 2020. Dans les townships en particulier, le virus a probablement trouvé des conditions idéales pour se propager à pas de géant.
Cela signifie que de très nombreuses personnes étaient déjà immunisées contre la forme originale du Sars-CoV-2 – le virus devait changer. Les chercheurs appellent une telle situation une pression évolutive. En conséquence, une nouvelle variante du virus s’est imposée, supérieure à la forme originale, notamment parce qu’elle est plus contagieuse.
Les données préliminaires suggèrent que le vaccin Comirnaty présente également une grande efficacité contre la lignée B.1351. VaxZevria, en revanche, pourrait avoir une efficacité réduite, selon une déclaration préliminaire des auteurs Madhi et al.
Le bêta est en fort déclin en accord avec les agences officielles (ECDC, CDC ainsi que l'OMS).
Gamma : La lignée P.1
Un autre COV appelé P.1 – anciennement connu sous le nom de B.1.1.28.1, désormais appelé Gamma – a été découvert pour la première fois au Brésil en décembre 2020. P.1 possède également l'importante mutation N501Y dans son génome. Ainsi, la souche virale P.1 est considérée comme très contagieuse.
Gamma a évolué et s'est répandu à l'origine dans la région amazonienne. La propagation du variant coïncide avec la forte hausse des hospitalisations liées au Covid-19 dans cette région à la mi-décembre 2020.
Le gamma diminue fortement, d’accord avec les experts de l’ECDC, du CDC et de l’OMS.
Autres variantes atténuées
Même si un grand nombre de nouvelles variantes virales sont désormais connues, cela ne signifie pas automatiquement une menace plus grande. L’influence de ces variantes sur l’incidence (mondiale) des infections était faible, ou bien elles ont été supprimées. Ceux-ci inclus:
- Epsilon : B.1.427 ainsi que B.1.429 – découverts pour la première fois en Californie.
- Eta : Détecté dans de nombreux pays (B.1.525).
- Thêta : Anciennement désigné P.3, maintenant déclassé, découvert pour la première fois aux Philippines.
- Kappa : détecté pour la première fois en Inde (B.1.617.1).
- Lambda : découvert pour la première fois au Pérou en décembre 2020 (C.37).
- Mu : Découvert pour la première fois en Colombie en janvier 2021 (B.1.621).
- Iota : Découvert pour la première fois aux États-Unis dans la région métropolitaine de New York (B.1.526).
- Zeta : Anciennement désigné P.2, désormais déclassé, découvert pour la première fois au Brésil.
À quelle vitesse le Sars-CoV-2 mute-t-il ?
À l’avenir, le Sars-CoV-2 continuera de s’adapter au système immunitaire humain et à une population (partiellement) vaccinée grâce à des mutations. La rapidité avec laquelle cela se produit dépend en grande partie de la taille de la population activement infectée.
Plus il y a de cas d’infection – aux niveaux régional, national et international – plus le coronavirus se multiplie – et plus les mutations se produisent fréquemment.
Cependant, comparé à d’autres virus, le coronavirus mute relativement lentement. Avec une longueur totale du génome du Sars-CoV-2 d’environ 30,000 XNUMX paires de bases, les experts supposent une à deux mutations par mois. En comparaison, les virus de la grippe (influenza) mutent deux à quatre fois plus fréquemment au cours de la même période.
Comment puis-je me protéger des mutations du coronavirus ?
Vous ne pouvez pas vous protéger spécifiquement contre les mutations individuelles du coronavirus – la seule possibilité est de ne pas être infecté.
Comment les mutations du coronavirus sont-elles détectées ?
L’Allemagne dispose d’un système de déclaration à mailles serrées pour surveiller les virus Sars-CoV-2 en circulation – il est appelé « système de surveillance moléculaire intégré ». À cette fin, les autorités sanitaires compétentes, l'Institut Robert Koch (RKI) et les laboratoires de diagnostic spécialisés travaillent en étroite collaboration.
Comment fonctionne le système de déclaration en cas de suspicion de mutation ?
Tout d’abord, tout test positif au coronavirus effectué par des professionnels est soumis à une déclaration obligatoire au service de santé publique compétent. Cela inclut les tests de dépistage du coronavirus effectués dans un centre de test, chez votre médecin, dans votre pharmacie ou même dans des établissements gouvernementaux, comme les écoles. Les autotests privés en sont toutefois exclus.
Pour plus d’informations sur les tests rapides de coronavirus pour l’autotest, consultez notre sujet spécial sur l’autotest Corona.
Le RKI compare ensuite les données rapportées et le résultat de l’analyse de séquence sous forme pseudonymisée. Pseudonymisé signifie qu’il n’est pas possible de tirer des conclusions sur une personne individuelle. Cependant, ces informations constituent la base de données permettant aux scientifiques et aux acteurs du système de santé d’obtenir un aperçu précis de la situation pandémique existante. Cela permet la meilleure évaluation possible de la situation afin d’en déduire des mesures politiques (si nécessaire).
Qu’est-ce qu’une analyse génomique par séquençage ?
Une analyse génomique par séquençage est une analyse génétique détaillée. Il examine la séquence exacte des différents éléments constitutifs de l’ARN dans le génome viral. Cela signifie que le génome du Sars-CoV-2, qui comprend environ 30,000 XNUMX paires de bases, est décodé et peut ensuite être comparé à celui du coronavirus sauvage.
Ce n’est qu’ainsi que les mutations individuelles peuvent être identifiées au niveau moléculaire – et qu’une attribution au sein de « l’arbre généalogique du coronavirus » est possible.
Cela montre également clairement que tous les pays du monde ne sont pas en mesure de suivre en détail la propagation exacte de variantes spécifiques du coronavirus. Une certaine incertitude dans les données de déclaration disponibles est donc probable.
